Der Bahnhof Weilheim ist als Verknüpfungspunkt mit der Strecke 960 München - Mittenwald (- Innsbruck) und 985 Weilheim - Augsburg der wichtigste und verkehrsreichste Bahnhof an der Pfaffenwinkelbahn. Aber auch hier wurden mit dem schrumpfenden Güterverkehr massiv Gleisanlagen zurückgebaut. Durch MoRa C ist der Güterverkehr mittlerweile endgülig zum Erliegen gekommen. Die beiden Gleisanschlüsse "Zarges" und "Neidhart" sind Geschichte. Auch der südlich von Weilheim von der Werdenfelsbahn abzweigende Gleisanschluß der ehemaligen Weilheimer Tankbau im Gewerbegebiet Trifthof ist Vergangenheit. In den Jahren 2016 und 2017 wurde der Bahnhof barrierefrei umgebaut. Dabei wurden alle Bahnsteige neu errichtet. Weiters erhielt der Bahnhof im Rahmen des Umbaus ein neues elektronisches Stellwerk. Im Vorfeld wurden dazu, wie üblich die Gleisanlagen nochmals vereinfacht. Dabei enfielen der Ladehof und die Panzerrampe. Somit kann in Weilheim kein Güterverkehr mehr stattfinden.
Ursprünglich von Betriebsräten der Telekom-Niederlassung im Weilheimer Trifthof vor mehr als 20 Jahren erstmals angeregt, gab der Freistaat Bayern 2016 überraschend bekannt, diesen neuen Haltepunkt im Rahmen einer Stationsoffensive tatsächlich realisieren zu wollen. Obwohl die Deutsche Telekom mittlerweile den Trifthof verlassen hat, besteht nach wie vor ein hohes Bedürfnis für diesen Haltepunkt. Von den ca. 1.600 Arbeitnehmern im Trifthof kommen ca. 400 aus Gemeinden an der Pfaffenwinkelbahn, weitere 150 von der Ammerseebahn. Diese können ohne Umsteigen direkt in das Gewerbegebiet gelangen. Darüber hinaus verkürzt sich für Schüler des Gymnasiums aus Peißenberg und Hohenpeißenberg der Fußweg zur Schule erheblich. Unerwartet regte sich sofort Widerstand gegen den Halt im Wohngebiet "In der Au" unter Federführung eines dort wohnhaften Stadtrates der Partei "Die Grünen ". Die Anwohner befürchten in ihrer Ruhe durch die Fahrgäste gestört zu werden. Nachdem das Vorhaben bereits zweimal im Bauausschuß gescheitert war, konnte es jeweils unter großem Einsatz von PRO BAHN im Stadtrat zurückgeholt werden. Die Stadt Weilheim hat der Bahn einen Alternativvorschlag unterbreitet, der alle zufrieden stellen sollte, nun jedoch auf Ablehnung bei der Bahn stößt.
Schlussendlich wurde das Vorhaben dann doch im Stadtrat gekippt und eine verschwindende Minderheit hat sich mit ihren Partikularinteressen gegen die der großen Mehrheit durchgesetzt. Es hat sich auch wieder einmal gezeigt, wie Grüne, die sonst nie um große Worte verlegen sind, wenn es darum geht, der Mehrheit ihr vermeintliches Besserwissen im Namen des großen Ganzen überzustülpen, zum spießigen NIMBY werden, wenn sie ihre Garztenzwergidylle bedroht sehen.
Der Haltepunkt Peißenberg Nord liegt im dünn besiedelten Raum am außersten Rand der Marktgemeinde Peißenberg. Seine Existenz ist nur historisch durch den ersten Endpunkt der Strecke aus Weilheim am ehemaligen Bahnhof Unterpeißenberg zu begründen. Seine Bedeutung für den heutigen Verkehr ist sehr gering. Seine Verlegung an die Forster Straße wäre längst überfällig gewesen. Statt dessen wurde er jedoch im Rahmen des barrierefreien Ausbaus der Strecke in alter Lage wieder neu erstellt.
Als Ersatz für den wenig frequentierten Haltepunkt Peißenberg Nord bietet sich eine Neulage am Bahnübergang Forter Straße an. Durch mittlerweile erfolgte neue Wohnbebauung beidseits südlich des Übergangs steigt die Attraktivität dieses möglichen Standortes weiter an.
Der Bahnhof Peißenberg befindet sich in der geographischen Mitte der Marktgemeinde Peißenberg und damit in einem schwach besiedelten Gebiet. Er wurde ursprünglich als Bahnhof Sulz errichtet unmittelbar vor dem Eingang zum Bergwerk gelegen errichtet und war zwischenzeitlich Endpunkt der Strecke Weilheim - Peißenberg. Hier endete auch bis Anfang der 80er-Jahre die Fahrleitung. Von seinen umfangreichen Abstellgleisen ist ebensowenig erhalten geblieben, wie von der Grubenanschlussbahn zum ehemaligen Kohle-Bergwerk Peißenberg. Mit seinen verbliebenen zwei Gleisen ist der Bahnhof der Kreuzungspunkt der stündlichen Regionalbahnen. Ebenso wenden hier morgens und nachmittags die Verstärkerzüge zwischen Weilheim und Peißenberg.
Der ehemalige Bahnhof Hohenpeißenberg besaß zwei Durchgangsgleise und ein Ladegleis. Bereits vor einigen Jahren wurde das Gleis 1 und das Ladegleis stillgelegt und später demontiert. Auch das frühere Bahnhofsgebäude wurde leider kurz vor Weihnachten 1994 abgerissen und durch eine unwürdige Holzhütte ersetzt. Erst Jahre später konnte das gesamte Gelände durch die Gemeinde Hohenpeißenberg umgestaltet und in einen ansprechenden Zustand gebracht werden. Da auch die, einige hundert Meter Richtung Peiting abzweigende Grubenanschlussbahn des Bergwerkes Hohenpeißenberg schon seit vielen Jahren demontiert ist, ist von dem einstmaligen Bahnhof nur noch ein kleiner Haltepunkt übrig geblieben.
Der Bahnhof Peiting Ost liegt in Ost-West-Richtung am östlichen Ortsrand von Peiting. Hier zweigte die Grubenanschlussbahn ab, die in das Gebiet des ehemaligen Bergwerks Peiting führt. Durch die Schließung der Spanplattenfabrik Pfleiderer findet hier jedoch seit einiger Zeit kein Güterverkehr mehr statt. Mittlerweile wurde der Anschluß durch den Eigentümer, die Marktgemeinde Peiting, stillgelegt und die Grundtücke zum Teil an anliegende Unternehmen verkauft.
Der Haltepunkt Peiting Nord liegt am nördlichen Rand der Marktgemeinde Peiting. Neben dem Haltepunkt befand sich bis vor kurzer Zeit auch der Industrieanschluss "Eisen-Peter", der jedoch mittlerweile abgebaut wurde.
Der Bahnhof Schongau ist der westliche Endpunkt der Strecke. Von hier aus führt auch die sogenannte "Fuchstalbahn" nach Landsberg, die zur Zeit nur im Güterverkehr bedient wird. Unmittelbar hinter der Lechbrücke befindet sich der Anschluss zum größten Güterkunden des gesamten Landkeises, der Papierfabrik des finnischen UPM-Konzern.
Unter anderem die Stadt Schongau wünscht sich seit längerem eine Verlängerung der Pfaffenwinkelbahn nach Norden bis zum Krankenhaus. Ursprünglich geplant als Pendlerparkplatz für die, über die B 17 kommenden Kraftfahrer als Umsteigepunkt zur Pfaffenwinkelbahn, bekommt das Vorhaben neue Brisanz durch den Plan der Stadt Schongau, in diesem Bereich neue Wohnbebauung zu schaffen. Auch die zwischenzeitliche Schließung des Krankenhauses Peißenberg brachte neue, zum Teil erheblich in ihrer Mobilität eingeschränkte Fahrgäste zum Schongauer Krankenhaus. Die im Jahr 2024 erfolgte Umwandlung des Schongauer Krankenhauses in ein ambulantes Zentrum und ein Fachärztezentrum hat die Lage jedoch abermals verändert
Zur Zeit wäre eine Verlängerung der Pfaffenwinkelbahn jedoch gar nicht möglich, da dazu der Bahnhof umgebaut werden müsste. Dies ist jedoch aufgrund des uralten mechanischen Stellwerks, das nur noch Bestandsschutz genießt und bei jeder Veränderung durch ein neues Millionen € teures Stellwerk ersetzt werden müsste, nicht möglich.
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