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Unmittelbar nach dem Verlassen des Schongauer Bahnhofs (680 M) überquert die Strecke den zweigeteilten Bahnübergang "Bahnhofstraße" (ehem B 17/472) um anschließend, fallend in einer Linkskurve den Lech auf der im Jahr 2001 neu erbauten Lechbrücke zu kreuzen. Direkt dahinter liegt der Bahnübergang "Friedrich-Haindl-Straße" über den die Zufahrtsstraße zur Papierfabrik der finnischen Firma UPM Kymmene (vorm. Haindl) die Strecke quert. Am Ende der Kurve endet das Gefälle (670 M) und wechselt in eine kontinuierliche Steigung bis Peiting Nord (710 M). Dort liegt ebenfalls die Weiche zur Anschlussbahn der Papierfabrik, dem einzigen verbliebenen, jedoch bedeutenden Güterkunden auf der Pfaffenwinkelbahn. Die dafür bestimmten sechstelligen Tonnagen werden von der frachtführenden Augsburger Localbahn nur im Ausnahmefall über die Pfaffenwinkelbahn herangeführt. Der Regelweg führt, aufgrund der geringeren Steigungen, über Fuchstalbahn Schongau - Landsberg.
Nachdem die Strecke abseits der Straße die verbliebenen der sog. "Haindl-Häuser", ehem. Werkswohnungen für Mitarbeiter der Papierfabrik, passiert hat, überquert sie auf einer kurzen Brücke den Lech-Werkskanal, durch den der Teil des Lechwassers, der am Schongauer Stausee in die Papierfabrik abgeleitet wurde, dem Lech wieder zurück gegeben wird.
Obwohl unmittelbar an der Straße gelegen schlecht einzusehen, steigt die Strecke in einer langgestreckten Rechtskurve am Hang des Schloßbergs entlang hinauf zum Bahnübergang "Loamer Stichl" (ehem. B 17/472), der auch die Ortsgrenze zwischen Schongau und Peiting markiert. In diesem Abschnitt liegt auch ein Viadukt, der einen kleinen Abbruch an der Hangflanke überbbrückt.
Nun offen einsehbar, steigt die Strecke auf einen Damm durch das Lexe-Filz weiter in der Rechtskurve nach Peiting Nord, dass sie nach einem kurzen Einschnitt vor dem Haltepunkt erreicht. Unmittelbar zwischen den Bahnsteigen liegt der Bahnübergang "Münchner Straße (ehem. B 472).
Topographie