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Der Abstieg an der südlichen Flanke des Hohen Peißenberg in das Tal der Ammer ist der "spektakulärste" Abschnitt der Pfaffenwinkelbahn. Er verläuft jedoch leider weitest abseits anderer Verkehrswege im Wald.
Nach Verlassen des Haltepunktes Hohenpeißenberg überquert die Pfaffenwinkelbahn die Zieglmeierstraße, die heute die Anbindung an ein Gewerbegebiet darstellt. Fruüher befand sich hier die Einfahrt in das Gelände des Bergwerkes Hohenpeißenberg. Am Ende der anschließenden Linkskurve wird auf einer Brücke wieder die neue B472 (Umgehung Hohenpeißenberg) gequert, bevor die Strecke für die nächsten Kilometer im Wald verschwindet.
Bevor die Strecke in einer Rechstkurve wieder von Süd wieder gen Ost schwenkt, wird ein ehemaliger Bahnübergang passiert, der im Zuge des Baus der Ungehungsstraße aufgelassen wurde. Am Ende dieser Kurve wird eine Forststraße an einem Bahnübergang gekreuzt, an dem sich im November 2012 ein schwerer Zusammenstoß zwischen einem Zug der Bayerischen Regiobahn und einem mit Kies beladenen Laster ereignete, bei dem 19 Menschen verletzt wurden.
Nach einem geraden Abschnitt entlang der Forststraße quert die Trasse den von Norden kommenden Eierbach und folgt diesem ab hier oberhalb entlang des Nordhangs der hier tief eingeschnittenen Ammer. Dabei werden drei Zuläufe des Eierbaches gekreuzt. Kurz vor der Riedschaft Hohenwart werden zwei kleinere Einschnitte überbrückt. Während die erste Brücke sich in einem sanierten Zustand zeigt, wurde die zweite mittlerweile durch einen Damm ersetzt.
Unmittelbar in Hohenwarth wird die Umgehungsstraße Hohenpeißenberge zum dritten Mal gekreutzt. Wenige Meter daneben befindet sich die alte Brücke der B 472, die heute noch für den Anschluß von Hohenwart und als Wirtschaftsweg genutzt wird. Der nachfolgende Einschnitt hätte 1980 fast das Ende für die Pfaffenwinkelbahn bedeutet, als die südliche Stützmauer während eines verhehrenden Starkregens einstürzte. Sie wurde jedoch, entgegen der Befürchtungen, trotz des damals herrschenden Nebenbahnsterbens wirde aufgebaut.
Weiter an der geologisch labilen Flanke des Hohen Peißenberg wird zuerst auf einer höheren Brücke der Einschnitt des Stadelbaches und der dort befindlichen Unterbaustraße und anschließend ein Hangbereich gequert, der während des Pfingsthochwassers 1999 mehrere Meter abgerutscht ist.
Mittlerweile im Peißenberger Gemeindegebiet folgen auf den letzten Höhenmetern noch die Bahnübergänge Hochreuth, Fußweg an der Hochreuther Straße und St.Georgenweg, bevor der Bahnhof Peißenberg erreicht wird.
Topographie